善光寺は天台宗の大勧進（本坊）と25院、浄土宗の大本願（本坊）と14坊の両派により運営されている無宗派の仏教寺院です。また、大本願は創建当時からの尼僧寺院です。

本尊・寺名の由縁については諸説ありますが、善光寺縁起によると、本尊である一光三尊阿弥陀如来は欽明天皇十三年（５５２年）に百済の聖明王から献呈され、それを安置するために本田善光が勅命を受け、皇極天皇3年（644年）に伽藍を造営し、その本田善光の名を取って『善光寺』と名付けたとされています。

国宝の本堂は創建以来11回もの火災に遭い、現在のものは宝永4年（1707年）に再建され、重要文化財の三門（山門）は寛延3年（1750年）に建立されたものです。