正式名称は賀茂御祖神社（※）といい、鴨川の下流に祀られているお社ということから下鴨神社と呼ばれています。その歴史はとても古く、崇神天皇（紀元前）以前から祀られていたと推測されます。上賀茂神社とともに古代の賀茂氏の氏神を祀る神社であり、賀茂神社と総称され、両社をもって一社のような扱いをされています。

延暦13年（794年）の桓武天皇による平安京遷都からは、山城国一之宮として、政治的・宗教的にも重要な役割を担うようになります。
また、明治4年（1871年）から第二次世界大戦後の昭和21年（1946年）までの社格制度（旧社格）においては、最上位の官幣大社におかれています。

両社によって毎年5月15日に行われている賀茂祭（通称葵祭）は平安時代の書物である源氏物語や枕草子などにも登場し、当時の祭りといえば葵祭といわれるほどのものでした。

古都京都の文化財として世界遺産（世界文化遺産）に登録されていて、境内にある「糺（ただす）の森」と呼ばれる原生林は、国の史跡に指定されています。