正式名称は旧御室御所跡仁和寺といい、宇多天皇によって仁和4年（888年）に完成しました。

宇多天皇は退位後、出家して仁和寺に住坊したことから、「御室（右京区の地名）御所」との別名がつくなど、皇室とのゆかりが深い寺です。
明治時代以降は、皇族が仁和寺の門跡に就かなくなったこともあり、現在の「旧御室御所」と称するようになっています。

応仁の乱で伽藍は全焼しますが、江戸時代になり、徳川幕府によって伽藍が再び整備されます。また、寛永年間の皇居建て替えに伴い、旧皇居の紫宸殿、清涼殿、常御殿などが境内に移築されています。（現在の金堂は旧紫宸殿）

桜の名所であり、仁和寺の桜は「御室桜」と言われ、遅咲きの桜として知られています。また、徒然草に登場する「仁和寺のある法師」という話でも知られています。

古都京都の文化財として世界遺産（世界文化遺産）に登録されています。