二条城は上洛する際の宿泊所として、徳川家康によって慶長8年（1603年）に造られたのが始まりとされます。
寛永元年（1624年）には3代将軍の徳川家光によって、廃城となっていた伏見城の遺構を移すなどの改築が行われ、寛永3年（1626年）頃に現在の規模に至ったとされます。

二条城は歴史的に重要な史跡であり、現在の二の丸御殿では、慶長16年（1611年）の大阪の役に繋がる家康と豊臣秀頼の会見が、慶応3年（1867年）には江戸幕府の最後の将軍である徳川慶喜によって大政奉還についての会議・発表が行われました。

寛延3年（1750年）に天守が、天明8年（1788年）には本丸などが消失し、現在の本丸は京都御苑にあった旧桂宮御殿を移築したものになります。

古都京都の文化財として世界遺産（世界文化遺産）に登録されています。