当初は出雲路（上京区・御所の北方）にあったことから出雲寺といい、創建は文武天皇の勅願により大宝3年（703年）に行基が開きました。

それから荒廃・再興を経て、寛文5年（1665年）に現在の山科安朱の地に再建され、後西天皇皇子の公弁法親王が入寺して門跡寺院となります。

天台宗京都五門跡の一つであることから毘沙門堂門跡とも呼ばれ、現在は桜、そして紅葉の名所として知られています。